莲峰庙与妈阁庙、观音堂同为澳门三大古庙，创建於明朝万历二十年（1592年），至今已有四百多年历史。莲峰庙因邻近莲峰山得名，到光绪年间庙宇大修时才挂上莲峰庙的牌匾，但其实早年间澳门还没填海造陆时，庙前有一渡头，附近的居民多为水上人家，供奉「妈祖」，祈求风调雨顺，那庙宇也只有一间供奉妈祖的殿堂，所以最早称呼其为「天妃庙」。后来随着供奉的神祇增加和多次修建，其名称又陆续改为「慈护宫」、「新庙」等，最后才最终定名「莲峰庙」。

莲峰庙总共经历了五次修缮才达现今的规模，占地非常辽阔，整体面貌庄严肃穆。这庙供奉的神佛非常多元，「妈祖」、「观音」、「关公」、尝百草的「神农氏」、造字的「仓颉」、「痘母元君」和「金花娘娘」等，可谓「儒、佛、道 」皆有代表，民间多神信仰的民俗特色一目了然，更加彰显澳门多元包容的文化内涵。而且这座庙内的格局、摆件和雕塑颇具美感，每移一步处处成风景，值得驻足观赏;尤其庙内两方石荷池，金鱼池中嬉戏，每逢夏日荷花绽放，莲叶满塘，清香扑鼻，令人心旷神怡。两处石荷池后的壁画亦各有不同，一幅是「神龙巨鲤」彩塑，寓意鲤跃龙门，一飞冲天;另一幅是「丹凰朝阳」彩塑，寓意安居乐业、幸福吉祥。

1839年夏天，中国发生了一场震惊中外的禁烟壮举，在清朝钦差大臣林则徐的主导下，二百多万斤鸦片在虎门海滩当众被销毁，可谓是人类史上最大规模的禁毒浪潮。当时澳门也是鸦片集散地，六月虎门销烟结束后，林则徐在九月三日，偕同两广总督邓廷楨来澳门视察，在莲峰庙 「中外流恩」拜亭设行辕办公，接见葡澳官员。其实莲峰庙本是禅院梵刹，但在明清年间就常被作为华人商贾的议事厅和朝廷官吏的驻节处，所以与澳门其他庙宇不同，莲峰庙拥有独特的「官庙」地位。

为了纪念林则徐巡阅澳门一百五十周年，莲峰庙於1989年竖立林则徐全身石雕像，并且在1997年於雕像旁建成林则徐纪念馆。馆内藏品非常丰富，包括林则徐虎门销烟、来澳巡视等历史事迹和军舰、吸食鸦片器具等均有展出。此外庙内在1920年起设立一所小学免费招收贫苦失学儿童，现今仍在开门办学。所以纵观这座百年古刹兼载了历史、宗教、文学和艺术的多重价值，拥有丰富的人文内涵和美学意象。